Depuis leur introduction accidentelle d’Amérique du Nord au XIXe siècle, le mildiou (Plasmopara viticola) et l’oïdium (Erysiphe necator) n’ont cessé de hanter les vignerons français. La viticulture représente aujourd’hui le deuxième secteur agricole consommateur de produits phytosanitaires en France. Chaque printemps pluvieux ravive l’angoisse : combien de traitements faudra-t-il ? À quel coût ? Avec quelle efficacité résiduelle, à l’heure où les résistances fongiques s’accumulent saison après saison ?
Face à cette impasse chronique, une technologie venue des profondeurs de la biologie moléculaire s’impose progressivement dans les laboratoires spécialisés en viticulture : CRISPR-Cas9. Ses partisans y voient l’outil qui permettra enfin de doter la vigne d’une immunité durable, sans pesticides, sans OGM au sens traditionnel du terme. Ses détracteurs, eux, s’interrogent sur la légitimité éthique et commerciale de modifier le patrimoine génétique de cépages millénaires.
CRISPR-Cas9 : des ciseaux moléculaires d’une précision chirurgicale
Le système CRISPR-Cas9 est issu d’une découverte fondamentale : les bactéries possèdent un système immunitaire naturel leur permettant de reconnaître et détruire l’ADN viral d’agents infectieux. Dès 2002, le gène Cas9 est identifié comme protéine associée aux séquences CRISPR. En 2012, Jennifer Doudna et Emmanuelle Charpentier — Prix Nobel 2020 — démontrent que ce mécanisme peut être reprogrammé comme un outil d’édition universel du génome.
Le principe est d’une élégance remarquable : un ARN guide (guide RNA) est synthétisé pour cibler une séquence d’ADN précise dans le génome de la plante. La protéine Cas9, guidée par cet ARN, s’y fixe et coupe le double brin d’ADN à l’endroit voulu. Les mécanismes de réparation naturels de la cellule prennent alors le relais — et c’est là que le vigneron-généticien joue sa partition : soit la réparation reconstitue fidèlement le gène, soit elle l’inactive en introduisant de petites insertions ou délétions. Plus raffiné encore, le base editing permet de remplacer directement une base nucléotidique par une autre, sans même provoquer de cassure.
Ce que les chercheurs ciblent dans le génome de Vitis vinifera
Deux familles de gènes concentrent aujourd’hui l’essentiel de la recherche CRISPR appliquée à la vigne :
Les gènes MLO (Mildew Locus O)
Ces gènes codent pour des protéines membranaires qui, paradoxalement, facilitent la pénétration de l’oïdium dans les cellules végétales — ce sont des gènes de susceptibilité. Leur inactivation par CRISPR (VvMLO3, VvMLO4, VvMLO6, VvMLO7) rend la vigne structurellement imperméable au champignon, sans introduire d’ADN étranger.
Le gène DMR6 (Downy Mildew Resistant 6)
Ce gène, également de susceptibilité, régule négativement la production d’acide salicylique, un signal d’alarme immunitaire naturel de la plante. Lorsque VvDMR6 est inactivé par CRISPR, la plante produit davantage d’acide salicylique lors d’une attaque de mildiou, déclenchant une réponse immunitaire plus forte et plus rapide.
Des résultats publiés en 2025-2026 sur le porte-greffe R110 montrent l’obtention de lignées éditées à 99% d’efficacité, avec des profils de délétion de -1 à -2 paires de bases dans le premier exon de VvDMR6.1. Des expériences simultanées ont ciblé trois gènes en parallèle (VvMLO6, VvMLO7 et VvNPR3), conférant une double résistance mildiou et oïdium dans la même plante.
Trois obstacles majeurs à l’adoption
1. Le défi de la régénération cellulaire
Modifier génétiquement une cellule de vigne en laboratoire est une chose. En faire une plante entière, saine, productive, cultivable en parcelle — c’en est une autre. La vigne résiste encore largement à la régénération in vitro à partir d’un simple amas cellulaire. C’est le verrou biologique qui ralentit le plus la transposition des résultats de laboratoire vers le vignoble.
2. Le mur réglementaire européen
En Europe, la législation assimile actuellement les plantes éditées génomiquement à des OGM au sens de la directive 2001/18/CE. Commercialiser un cépage édité par CRISPR en France ou dans l’UE est donc impossible aujourd’hui, même si aucun gène étranger n’a été introduit dans la plante. Le débat politique autour d’une révision de cette réglementation est ouvert — et âprement disputé entre tenants de l’innovation et défenseurs du principe de précaution.
3. L’acceptabilité du consommateur et des appellations
Même si la réglementation évoluait, la question de l’identité des cépages se poserait avec acuité dans les appellations d’origine. Un Cabernet-Sauvignon dont le génome a été modifié, même d’un seul nucléotide, reste-t-il un Cabernet-Sauvignon ? Les cahiers des charges AOC/AOP ne sont pas conçus pour répondre à cette question.
Pendant ce temps : l’hybridation classique avance
L’INRAE n’a pas attendu CRISPR pour agir. Le programme ResDur (Résistance Durable) a produit une gamme croissante de cépages résistants par hybridation traditionnelle : Artaban, Voltis, Vidoc, Floreal (série ResDur1), puis Calys, Exelys et Artys inscrites au Catalogue officiel en 2024.
Ces variétés combinent plusieurs facteurs de résistance polygénique (Rpv1, Rpv3 pour le mildiou ; Run1, Ren3, Ren9 pour l’oïdium) et permettent de réduire les traitements fongicides de 80 à 90%. Dans le vignoble champenois, le Voltis (intégré en VIFA depuis 2022) a montré en 2024 une réduction spectaculaire des symptômes, avec seulement 1,3 traitement antimildiou en moyenne contre 13 sur le reste du vignoble.
Mais ces résistances ne sont pas éternelles. En 2024, dans le Midi, plusieurs parcelles de cépages résistants ont subi de lourdes pertes suite au contournement de gènes de résistance par de nouvelles souches de Plasmopara viticola. La nature, en perpétuelle coévolution avec ses hôtes, rappelle qu’aucune forteresse génétique n’est imprenable sur le long terme.
C’est précisément là que CRISPR offrirait un avantage stratégique décisif : la capacité à réactualiser rapidement les résistances dès qu’une nouvelle souche pathogène émerge, sans repartir de dix ans de croisements.
Horizon 2030 : quel scénario pour le vignoble français ?
Trois trajectoires plausibles se dessinent à l’horizon de la décennie :
Scénario 1 — Statu quo réglementaire : CRISPR reste bloqué dans les laboratoires. La filière s’appuie exclusivement sur les cépages ResDur et les biocontrôles. Les contournements de résistance s’accumulent, la pression phytosanitaire reste structurellement élevée.
Scénario 2 — Révolution réglementaire européenne : L’UE adopte un cadre distinct pour les NGT (New Genomic Techniques) n’impliquant pas de transgénèse. Les premiers cépages édités arrivent dans les parcelles expérimentales. Les AOC engagent une refonte de leurs cahiers des charges.
Scénario 3 — Convergence ResDur + CRISPR : Les cépages résistants par hybridation sont affinés par édition génomique ciblée pour contrer les nouvelles souches pathogènes. Les deux approches deviennent complémentaires, non concurrentes.
Ce que le vigneron d’aujourd’hui doit retenir
CRISPR-Cas9 n’est pas une promesse de science-fiction. C’est une réalité de laboratoire, déjà traduite en résultats concrets sur Vitis vinifera. Mais entre la paillasse et la parcelle, des obstacles réels — biologiques, réglementaires, culturels — imposent une temporalité longue.
Ce que le vigneron pragmatique peut faire dès aujourd’hui : planter des cépages résistants (ResDur2, ResDur3), diversifier les gènes de résistance dans ses parcelles pour retarder les contournements, et rester attentif aux évolutions réglementaires européennes sur les NGT — car quand le verrou s’ouvrira, il s’ouvrira vite.
La vigne, qui a traversé le phylloxéra, deux guerres mondiales et le changement climatique, traversera aussi la révolution génomique. La question n’est pas de savoir si CRISPR entrera dans le vignoble. C’est de savoir à quelle condition — et selon quelles valeurs.
Cheers.
F.
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